但是这时候已经天下大乱，脱脱也不行了，各地反抗也是风起云涌。脱脱的再次启用已经不如之前的信任，并且妥懽帖睦尔信任小人康里人哈麻，并且脱脱也变成了一个背锅的，看到天下造反风起云涌，元惠宗不反思在没有脱脱的日子里面，他是怎么搞的，反而怪脱脱，说是你之前说天下无事，怎么现在大半个国家都乱了，你现在有什么办法？脱脱无言以对。一方面也开始不断走向了防范汉人的道路，不再信任汉人，一方面又要求汉人地主捐钱捐物涓人来抵抗叛乱的人，这政策明显不行。1352年八月，脱脱亲自南下督师，脱脱亲临的情况下，短期内各地造反有所减弱，于是元惠宗就得意忘形，还为脱脱在徐州建立生祠进行供奉，以表彰他的功劳。

1354年，张士诚崛起，元惠宗让脱脱前来镇压，结果脱脱在前线打仗，哈麻在后方给脱脱上眼药，最终元惠宗将脱脱流放到云南，在流放云南的途中，哈麻又假传圣旨将脱脱杀害。

脱脱死后，元惠宗更加荒淫无度，天天听这些奸臣的建议搞什么男女双修，导致元朝内部互相攻击，最后产生两个大的军阀，一个是扩顿帖木儿，一个是孛罗帖木儿，最后是孛罗帖木儿控制了朝廷，于是元惠宗的的儿子被孛罗帖木儿赶出朝廷，逃到了扩顿帖木儿（也就是汉名字叫王保保的），但是随后孛罗帖木儿因为淫乱后宫，弄权专权，最终被元惠宗派杀手在他进皇宫的时候，将其杀死。随后扩顿帖木儿将太子又送回京都。

如何死亡

但是元朝朝廷里面乱糟糟的时候，造反势力已经如火如荼了。这时候的朱元璋已经成气候了，1368年正月，朱元璋自称皇帝，国号大明。随后明军高歌猛进，势不可挡。1368年七月，妥懽帖睦尔和扩顿帖木儿和解，一致对外，但是却已经为时已晚了。

明军一路向北势如破竹，七月二十七日，妥懽帖睦尔任命帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，自己则准备逃跑，二十八日，在大都青宁殿，正式召见大臣及后宫嫔妃及皇太子宣布，正式逃亡上都。虽然大家都劝他不要逃走，他却说自己不想成为北宋的宋徽宗和宋钦宗，所以这天夜里面就带领皇太子和后妃等人出逃上都。八月十五日妥懽帖睦尔一行终于抵达上都。在八月十二日大都已经被明军攻陷，元朝已经从事实上这一天灭亡了。

刚到大都的妥懽帖睦尔还想振作一番，也听从大臣建议，任命扩顿帖木儿前来救援，刚开始扩顿帖木儿竟然真的打了一个大胜仗，随后在又被明军偷袭，最后只带领十八骑逃了出来，于是妥懽帖睦尔再也没有雄心壮志了，整日消沉的很，终于在1369年元旦朝贺的时候，托病不出，随后就经常因病不上朝了，1369年六月十三日，妥懽帖睦尔又放弃了上都逃到了应昌，这中间也有人建议他逃到和林，但是他没有接受。

1370年病重，于是正式让皇太子爱猷识理达腊总览军国大事。同年四月二十八日，因痢疾驾崩于应昌，死的时候只有五十一岁。随后明太祖朱元璋给他谥号顺帝。

历史名人评价

清朝宗室昭梿对他这样评价：元顺帝亡国之君，无足置议，然有二三政事远胜前人者。巴延擅权，举国依附，帝能识托克托于行间，密与之谋，一旦立解兵柄，贬谪远方，颇有英飒之姿。明宗被弑多年，帝首发其逆谋，将雅尔特尔穆子孙咸置于法。虽迁逼太后，谋害皇弟，不无太忍，然较唐敬宗敬礼陈宏敬，明天启之不究诘方从哲、崔文升，反将劾奸诸臣屈陷成狱者，不啻霄壤矣。又能任汉人贺惟一为相，改革蒙古勋臣专擅之风，亦良能也。

作者评价

前期振作却不能坚持，非常可惜。为数不多的能臣脱脱，却又间接的被他给搞死了，典型的自废武功。